Garantom kontroly dodržiavania zásad ekologického poľnohospodárstva pri pestovaní rastlín, chove hospodárskych zvierat a spracovaní rastlinných a živočíšnych produktov je Ústredný kontrolný a skúšobný ústav poľnohospodársky (ÚKSÚP), ktorý výkonom kontroly poveruje certifikačnú a inšpekčnú organizáciu Naturalis SK a Biokont CZ. Správy o kontrole slúžia ako podkladový materiál pre priznanie ochrannej známky „Ekopoľnohospodárstvo“.